Esculpindo DNA com Software Livre e de Código Aberto

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Dobrar e esculpir moléculas de DNA formando pequenas esculturas de tamanho nanométrico ficou mais fácil com um aplicativo licenciado como software livre e de código aberto.

Shawn Douglas é uma daquelas pessoas que vê o futuro e faz de tudo para que ele chegue logo. Misturando ciência com arte ele dobra moléculas e esculpe moléculas de DNA na esperança que em breve essa técnica seja usada para criar pequenas máquinas feitas de moléculas de DNA.

O processo é demorado e, como você pode imaginar, sujeito a muitos erros e reveses. Para simplificar as coisas a equipe do Dr. Shawn desenvolveu o caDNAno, um software que roda sobre a plataforma Adobe Air e que está licenciado usando a licença MIT.

O método utilizado para esculpir lembra a história do escultor que, quando confrontado por um discipulo estasiado com a beleza do cavalo que o mestre esculpira, perguntou: Mestre como é possível transformar um bloco de mármore em tão lindo cavalo? Ao que o mestre respondeu: Eu vou tirando da pedra tudo que não é cavalo.

O Dr. Shawn usa o mesmo processo, guardadas as proporções nanométricas. Ele começa emplihando uma série de tubos em uma forma geométrica sõlida no computador. Cada tubo representando uma única hélice de DNA. Depois vai retirando do bloco tudo que não faz parte da forma desejada.

Com a estrutura definida o Dr. Shawn vai para o mundo real, dobrando uma longa cadeia de DNA em uma pilha que é esticada e moldada na forma desejada. A cada passo do processo os tubos de DNA são grampeados no lugar.

Em um processo de cozimento e resfriamento, que leva uma semana as sequencias do DNA dos tubos e dos grampos  é unida nos lugares desejados o que garante a manutenção da forma. Os papers explicando esse processo detalhadamente estão disponívies na página do bom doutor.

primeiro origami de DNA foi criado em 2006 por Paul Rothemund, tratava-se de figuras interessantes porém em duas dimensões.  Pouco depois, Ebbe Andersen conseguiu construir uma caixa formada de seis painéis.

O trabalho do Dr. Shawn leva essa técnica a níveis inéditos mas, ele não está só. O próprio site do caDNAno lista alguns outros projetos de software para dobrar DNA que foram licenciados com licenças de software livre e /ou código aberto e estão disponíveis para download.